Đoàn cơ sở Viện lúa ĐBSCL được thành lập theo quyết định số 14/QĐ-HĐ ngày 23/08/2007 của Ban thường vụ huyện Đoàn Cờ Đỏ với 3 Chi đoàn trực thuộc. Trong nhiệm kỳ 2007-2012, thực hiện nghị quyết 12 của Chính Phủ về việc chia tách huyện Cờ Đỏ thành lập huyện Thới Lai thuộc Tp. Cần Thơ, Đoàn cơ sở Viện lúa ĐBSCL được chuyển về trực thuộc Huyện Đoàn Thới Lai. Với đặc thù là một tổ chức đoàn thể trong đơn vị , Đoàn cơ sở Viện lúa ĐBSCL ngoài nhiệm vụ tích cực tham gia các hoạt động chung của Huyện Đoàn còn thực hiện những nhiệm vụ chuyên môn của cơ quan. Trong thời gian qua Đoàn cơ sở Viện lúa ĐBSCL đã kết hợp với Huyện Đoàn tổ chức tập huấn trao đổi kiến thức khoa học nông nghiệp với các Đoàn cơ sở trực thuộc Huyện Đoàn.

Bên cạnh đó, với một lực lượng đa phần đoàn viên là các cán bộ khoa học trẻ, nhiệt huyết, được đào tạo bài bản từ các cơ sở đào tạo có uy tín trong và ngoài nước, Đoàn cơ sở Viện lúa ĐBSCL đã góp phần đáng kể trong thành tích nghiên cứu khoa học của Viện. Đoàn cơ sở cũng giới thiệu cho Đảng nhiều đoàn viên ưu tú cho nhiệm vụ xây dựng đảng trong các Chi bộ nói riêng và Đảng bộ nói chung.