Jon M. Massman và ctv. đã công bố trên tạp chí TAG on-line ngày 10-8-2012 như sau: Các nhà lai tạo giống bắp (Zea mays L.) đánh giá nhiều tổ hợp lai đơn vào mỗi năm tại nhiều điểm khác nhau. Mục đích của họ là xác định tính chất hữu dụng của giá trị phỏng đoán toàn bộ genome (genomewide predictions), trên cơ sở ảnh hưởng của marker từ dữ liệu lai đơn này, xác định tổ hợp lai tối ưu chưa lai thử nghiệm, và dòng cận giao tốt nhất trong cặp lai bố mẹ. Họ xem xét 479 tổ hợp lai đơn giữa 59 dòng cận giao “Iowa Stiff Stalk Synthetic (BSSS) và 44 dòng không cận giao (non-BSSS inbreds). Các tổ hợp lai đơn này được đánh giá trong những thí nghiệm được thực hiện tại nhiều địa điểm khác nhau, trong năm 2001 – 2009. Các dòng cận giao BSSS và non-BSSS cung cấp cơ sở dữ liệu thông qua 669 chỉ thị SNP (single nucleotide polymorphism).

Hiệu quả lai đơn được dự báo bằng phần mềm toán học BLUP (best linear unbiased prediction) sử dụng tính chất “marker-based relatedness” và thông tin có liên quan, từ ảnh hưởng “genomewide marker”, người ta tính toán phương trình “ridge-regression BLUP” (viết tắt là RR-BLUP). Với BLUP, sự chính xác của dự đoán trung bình [mean prediction accuracy] được biểu thị bằng giá trị r MG của hiệu quả lai đơn là 0,87 đối với năng suất, 0,90 đối với ẩm độ hạt, 0,69 đối với đổ ngã của thân, và 0,84 đối với tính bám rễ. Chính mô phỏng BLUP và RR-BLUP đã không dẫn đến giá trị r MG khác biệt một cách có ý nghĩa. Người ta phải sử dụng mô phỏng RR-BLUP model, được phát triển trên cơ sở dữ liệu lai đơn, để dự báo được hiệu quả của lai thử nghiệm (testcrosses) trong 14 quần thể cây bố mẹ (biparental populations).

Các giá trị r MG trong mỗi quần thể testcross thường khá thấp và giá trị âm. Những kết quả như vậy được thu thập cho dù mức độ trung bình của “linkage disequilibrium”, i.e., r 2 giữa các markers liền kề là 0,35 trong các dòng cận giao BSSS và  0,26 trong các dòng non-BSSS. Nhìn chung, những kết quả này cho thấy rằng ảnh hưởng của marker trên toàn bộ genome được ước tính từ các tổ hợp lai đơn không tỏ ra thuận lợi (so với BLUP) để dự báo hiệu quả của tổ hợp lai đơn nào đó và thường cho ra sai số không có ích gì cho việc dự báo hiệu quả của lai thử nghiệm (testcross) giữa bố mẹ. Xem chi tiết