Sự phát triển kinh tế nói chung đã tạo ra sự dịch chuyển lao động từ nông thôn ra thành thị và điều làm gây ra sự thiếu hụt nghiêm trọng nguồn nhân lực lao động cho nông nghiệp và nông thôn. Để đảm bảo an ninh lương thực cho lượng dân số đang tăng trưởng nhanh thì phương thức canh tác lúa sẽ thay đổi trong tương lai gần do sự thay đổi về cơ cấu lao động và sự tác động của biến đổi khí hậu. Trong đó, phương pháp gieo sạ trực tiếp (DSR = Direct-Seeded Rice) sẽ chiếm ưu thế so với phương pháp gieo mạ và cấy truyền thống. Sự chống chịu ngập ở giai đoạn nảy mầm trên lúa giúp hạt lúa nảy mầm và phát triển cây mạ trong điều kiện ngập yếm khí. Đây là đặc tính chủ chốt trong việc nghiên cứu và phát triển các giống lúa chống chịu ngập giai đoạn nảy mầm phù hợp với phương pháp canh tác gieo sạ trực tiếp (DSR). Các nhà khoa học đã xác định được gene liên quan đến biến dưỡng chất đường trehalose-6-phosphate (T6P) giúp cho giống lúa nảy mầm và phát triển trong điều kiện ngập hoàn toàn. Gene này có tên trehalose-6-phosphate phosphatase (OsTPP7) nằm trên nhiễm sắc thể số 9 trùng lắp với vị trí của QTL chủ lực qAG-9-2. QTL qAG-9-2 trước đây được xác định là yếu tố chính quy định tính trạng chống chịu điều kiện ngập ở giai đoạn nảy mầm. Gene OsTPP7 giữ vai trò trung tâm như là một sensor cảm biến sự hiện điện của nguồn carbohyrate sucrose trong tế bào thông qua sự tiêu thụ nguồn đường T6P. Hoạt động này tăng cường sự phân giải nguồn tinh bột dự trữ để cung cấp năng lượng cho sự tăng trưởng và nảy mầm dưới điều kiện ngập. (Nguồn chi tiết xem tại: Kretzschmar et al. (2015) A trehalose-6-phosphate phosphatase enhances anaerobic germination tolerance in rice. Nature Plants 1: 15124, doi:10.1038/nplants.2015.124)