Trung tâm Chuyển giao tiến bộ kỹ thuật là tổ chức sự nghiệp khoa học công lập trực thuộc Viện lúa đồng bằng sông Cửu Long, có chức năng thực nghiệm khoa học kỹ thuật và đưa tiến bộ kỹ thuật vào sản xuất, nghiên cứu tác động của chính sách và tiến bộ kỹ thuật đến tiềm năng phát triển nông thôn ở ĐBSCL theo xu hướng sản xuất nông nghiệp bền vững dưới điều kiện biến đổi khí hậu, tham gia xây dựng mô hình nông thôn mới, hợp tác nghiên cứu trong và ngoài nước..

Trung tâm Ứng dụng Công nghệ Sinh học và Nông nghiệp Công nghệ cao, là đơn vị dịch vụ trực thuộc Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, có chức năng nghiên cứu phát triển và cung cấp dịch vụ về ứng dụng công nghệ sinh học và nông nghiệp công nghệ cao (cây con, chế phẩm vi sinh vật, các giá thể, quy trình kỹ thuật, trang thiết bị.…) trong sản xuất nông nghiệp.

Trung tâm dịch vụ phân tích môi trường, vật tư nông nghiệp và sản phẩm cây trồng, là đơn vị dịch vụ trực thuộc Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, có chức năng tham gia nghiên cứu và cung cấp các dịch vụ liên quan đến việc phân tích các chỉ tiêu về đất, nước, khí thải, môi trường, vật tư nông nghiệp và sản phẩm cây trồng và kiểm nghiệm/ kiểm định giống cây trồng.

Văn phòng Viện, là đơn vị chức năng trực thuộc Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, có chức năng tham mưu và quản lý về tổ chức cán bộ, hành chính quản trị, xây dựng cơ bản và tài chính-kế toán.

Phòng Khoa học và Hợp tác quốc tế, là đơn vị chức năng trực thuộc Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, có chức năng tham mưu và quản lý về công tác nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ, thông tin, đào tạo chuyên môn và hợp tác trong và ngoài nước.

Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long là một đơn vị nghiên cứu khoa học công lập thuộc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, có trụ sở chính tại Xã Tân Thạnh, huyện Thới Lai, TP. Cần Thơ.

Đảng bộ Viện Lúa đồng bằng sông Cửu Long trực thuộc Huyện ủy Thới Lai, Thành ủy TP. Cần Thơ. Hiện nay Đảng bộ có 93 đảng viên sinh hoạt trong 10 chi bộ trực thuộc, trong đó có 07 đảng viên dự bị và số đảng viên nữ  là 44 người.

Ban chấp hành Đảng bộ Viện nhiệm kỳ X (2011-2015) bao gồm 11 đồng chí do đ/c Lê Văn Bảnh làm Bí thư.

Đoàn cơ sở Viện lúa ĐBSCL được thành lập theo quyết định số 14/QĐ-HĐ ngày 23/08/2007 của Ban thường vụ huyện Đoàn Cờ Đỏ với 3 Chi đoàn trực thuộc. Trong nhiệm kỳ 2007-2012, thực hiện nghị quyết 12 của Chính Phủ về việc chia tách huyện Cờ Đỏ thành lập huyện Thới Lai thuộc Tp. Cần Thơ, Đoàn cơ sở Viện lúa ĐBSCL được chuyển về trực thuộc Huyện Đoàn Thới Lai.