Bộ môn Bảo Vệ Thực Vật là đơn vị nghiên cứu trực thuộc Viện lúa đồng bằng sông Cửu Long được thành lập trên cơ sở sát nhập bộ môn côn trùng, bệnh cây, sinh thài côn trùng và phòng trừ sinh học theo quyết đinh số 149/QĐ-QL-TCCB của Viện trưởng Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long.

Bộ môn Di truyền và Chọn giống, là đơn vị chuyên môn trực thuộc Viện Lúa Đồng Bằng Sông Cửu Long, có chức năng nghiên cứu về lĩnh vực di truyền và chọn tạo giống lúa và giống cây trồng khác.

Bộ môn Cơ điện nông nghiệp và Công nghệ sau thu hoạch là đơn vị nghiên cứu trực thuộc Viện lúa đồng bằng sông Cửu Long, có chức năng nghiên cứu, chuyển giao, đào tạo, hợp tác và tư vấn về lĩnh vực Cơ điện nông nghiệp, công nghệ sau thu hoạch và chế biến nông sản thực phẩm.

Bộ môn Nông học, là đơn vị nghiên cứu trực thuộc Viện lúa đồng bằng sông Cửu Long, có chức năng nghiên cứu, chuyển giao, đào tạo, hợp tác, và tư vấn về lĩnh vực Kỹ Thuật canh tác, sinh lý sinh hóa, hệ thống canh tác, dinh dưỡng cây trồng và sản xuất phân bón lá, bón gốc, khoa học đất và vi sinh vật đất-môi trường phục vụ cho cây lúa và cây trồng khác.