Đảng bộ Viện Lúa đồng bằng sông Cửu Long trực thuộc Huyện ủy Thới Lai, Thành ủy TP. Cần Thơ. Hiện nay Đảng bộ có 93 đảng viên sinh hoạt trong 10 chi bộ trực thuộc, trong đó có 07 đảng viên dự bị và số đảng viên nữ  là 44 người.

Ban chấp hành Đảng bộ Viện nhiệm kỳ X (2011-2015) bao gồm 11 đồng chí do đ/c Lê Văn Bảnh làm Bí thư.

Đoàn cơ sở Viện lúa ĐBSCL được thành lập theo quyết định số 14/QĐ-HĐ ngày 23/08/2007 của Ban thường vụ huyện Đoàn Cờ Đỏ với 3 Chi đoàn trực thuộc. Trong nhiệm kỳ 2007-2012, thực hiện nghị quyết 12 của Chính Phủ về việc chia tách huyện Cờ Đỏ thành lập huyện Thới Lai thuộc Tp. Cần Thơ, Đoàn cơ sở Viện lúa ĐBSCL được chuyển về trực thuộc Huyện Đoàn Thới Lai.